Навесні 2022 року, невдовзі після захоплення міста, він відмовився на камеру зректися звання Героя України, присвоєного командиру УПА Роману Шухевичу. Тоді Миколаєнко заявив: «Шухевич воював за Україну. Він не воював на боці нацистської Німеччини. Держава надала йому звання героя, і для мене він — герой».
Російські військові намагалися схилити екс-мера до співпраці, проте він відмовився, що спричинило його затримання, полон і ув'язнення в російській тюрмі.
Після звільнення Миколаєнко сказав: «Крім бетону та ґрат я нічого не бачив. Сьогодні, 24 серпня, в день Незалежності України для мене другий день народження". Крім того, мер Херсону сказав, що пишається своєю донькою - військовослужбовицею, яка виборює свободу і незалежність та захищає нашу рідну Україну.
Володимир Миколаєнко також повідомив, що найбільше його бажання - побачити рідну матусю, якій виповнилося 91 рік. Коли вона дізналась про полон сина, у неї відмовили ноги і він не сподівався більше з нею побачитись.
